پی فرمان رهبر کبیر انقلاب اسلامی حضرت امام خمینی –قدس سره- در تاریخ 59/3/23 مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی، ستاد مزبور در جلسه مورخ 59/5/16 به منظور تحقق بخشیدن به اهداف انقلاب فرهنگی، جهاد دانشگاهی را به عنوان یک نهاد انقلابی و برخاسته از انقلاب فرهنگی تأسیس کرد. پس از تبدیل ستاد به شورای عالی انقلاب فرهنگی، اساسنامه این نهاد در تاریخ 11/9/65 مورد تجدید نظر قرار گرفت و با حذف وظیفه مشارکت در مدیریت اداره دانشگاهها و تأکید بر انجام فعالیتهای فرهنگی و تحقیقاتی به منظور اسلامی شدن دانشگاهها به تصویب رسید. 

بار دیگر شورای عالی انقلاب فرهنگی با عنایت به شرایط جدید دانشگاهها در تاریخ 22/8/69 مصوبه ای را به تصویب رساند که در آن جهاد دانشگاهی به عنوان پلی میان دانشگاه و بخش صنعتی، خدماتی کشور معرفی گردید. در این مصوبه دو وظیفه عمده انجام تحقیقات علمی و فعالیتهای فرهنگی همچنان بعهده این نهاد می باشد.

جهاد دانشگاهی نهادی است عمومی و غیر دولتی زیر نظر شورای عالی انقلاب فرهنگی، دارای شخصیت مستقل و از لحاظ اداری، استخدامی و مالی تابع مقرراتی است که در چارچوب اختیارات قانونی به تصویب هیأت امنای جهاد دانشگاهی می رسد.